Rektorati i Kolegjit është organ kolegjial ekzekutiv dhe funksionon bazuar në ligjin Nr. 80/2015, “Për Arsimin e lartë dhe kërkimin shkencor në institucionet e arsimit të lartë në Republikën e Shqipërisë”, Statutin dhe këtë Rregullore. Rektorati drejtohet nga rektori i cili thërret në mbledhjen e parë të tij, përbëhet nga:

• Rektori;
• Administratori i Kolegjit
• Zëvendës rektori;
• Dekani i Fakultetit të Shkencave  Mjekësore;
• Dekani i Fakultetit të Ekonomisë.

Funksionet e Rektoratit janë si më poshtë:

• Harton planin e zhvillimit strategjik të Kolegjit;
• Harton programin vjetor të veprimtarive, si dhe ndjek zbatimin e tij pas miratimit në Senatin akademik;
• Propozon kriteret për shpërndarjen e burimeve materiale dhe njerëzore akademike;
• Harton dhe propozon projektbuxhetin për miratim në senatin akademik e përmë tej në Bordin e Administrimit;
• Propozon planin për investime, kontratat dhe marrëveshjet, që janë kompetencë e tij;
• Paraqet rekomandime për projektet për programet e studimeve, të kërkimit shkencor dhe ndryshimet e nevojshme strukturore për realizimin e tyre;
• Zbaton të gjitha vendimet e miratuara nga Senati Akademik;
• Monitoron dhe publikon rezultatet e vlerësimit të veprimtarive të Kolegjit;
• Ndjek veprimtarinë në njësitë përbërëse tëkolegjit për përmbushjen e qëllimeve të institucionit si dhe për zbatimin e akteve të organeve kolegjiale të Kolegjit.

Rektorati mblidhet si rregull jo më pak se një herë në dy javë. Në raste të nevojshme Rektorati mund të mblidhet në çdo kohë, me kusht që të lihet kohë e mjaftueshme për shqyrtimin e materialeve që lidhen me çështjet për diskutim.

Mbledhja thirret nga Rektori, kryesisht apo me kërkesën e secilit prej anëtarëve të Rektoratit.

Si rregull Rektorati merr vendime njëzëri. Kur kjo nuk është e mundur vendimet merren me shumicën e votave të anëtarëve të pranishëm në mbledhje. Në rastet kur nuk mund të arrihet shumica, vota e Rektorit është përcaktuese.

Procesverbali i mbajtur në mbledhjen e Rektoratit përbën dokumentin bazë për pasqyrimin e vendimmarrjes.

Vendimet e marra nga Rektorati, materializohen në formën e urdhrave, vendimeve apo shkresave të nxjerra nga Rektori i Kolegjit.

Rektori i propozon Bordit Administrimit shkarkimin e autoritetit drejtues të njësisë kryesore të Kolegjit, në rastet e kryerjes së veprave penale flagrante ose të shkeljeve të rënda të ligjit, të pamundësisë për të kryer detyrën dhe për rastet e parashikuara në Kodin e Etikës së Kolegjit.

Rektori cakton njërin prej zëvendësve të autoritetit deri  në  zgjedhjen  e  autoritetit  të  ri  brenda  dy muajve nga data e shkarkimit.